Journal of Visualized Experiments

Journal of Visualized Experiments is a peer reviewed scholarly journal devoted to biological research in a video format. Yes, you read it right, the articles are in a video format. At Chalmers library we find this cross-over from traditional to new media exciting and hope that you will too. By watching video-articles from the laboratory you will grasp concepts and methods that might have been hard to understand by reading about them.

Check out JoVE and don’t forget to tell us what you thought about it.

JoVE: Rapid Knowledge Transfer

The Journal of Visualized Experiments (JoVE) was established as a new tool in life science publication and communication, with participation of scientists from leading research institutions. JoVE takes advantage of video technology to capture and transmit the multiple facets and intricacies of life science research. Visualization greatly facilitates the understanding and efficient reproduction of both basic and complex experimental techniques, thereby addressing two of the biggest challenges faced by today’s life science research community: i) low transparency and poor reproducibility of biological experiments and ii) time and labor-intensive nature of learning new experimental techniques.

JoVE: Addressing Complexity

The complexity and breadth of life science research has increased exponentially in recent years. Research progress and the translation of findings from the bench to clinical therapies relies on the rapid transfer of knowledge both within the research community and the general public. Written word and static picture-based traditional print journals are no longer sufficient to accurately transmit the intricacies of modern research.

JoVE: Lifting the Laboratory Time Sink

As every researcher in the life sciences knows, it can take weeks or even months to learn, perfect, and apply new experimental techniques. It is especially difficult to reproduce newly published studies describing the advanced state-of-the-art techniques. Thus, much time in the laboratory is spent learning techniques and procedures. This is a never ending process for experimental scientists as methodologies in this fast-growing field evolve and change with each coming year (e.g. genomics and proteomics, most dramatically). The time and resource-consuming process of learning and staying current with techniques and procedures is a rate-limiting step in the advancement of scientific research and drug discovery.

JoVE: Integrating Time

JoVE opens a new frontier in scientific publication by promoting efficiency and performance of life science research. Visualization of the temporal component, or the change over time integral to many life science experiments, can now be done. JoVE allows you to publish experiments in all their dimensions, overcoming the inherent limitations of traditional, static print journals, thereby adding an entirely new parameter to the communication of experimental data and research results.

Read more about JoVE.

/ Daniel

Nature – från början till slut

screen-capture-13

To the solid ground of Nature trusts the mind that builds for aye — Wordsworth

Chalmers bibliotek har förvärvat arkivrättigheter för Nature. Redan 1869 definierade Nature sina två huvudsyften som:

”First, to place before the general public the gran results of Scientific Work and Scientific Discovery; and to urge the claims of Science to a more general recognition in Education and Dialy Life;

And, Secondly, to aid Scientific men themselves by giving early information o fall advances made in any branch of Natural knowledge throughout the world, and by affording them an opportunity of discussing the various Scientific questions which arise from time to time.” – Nature’s original mission statement, 11 November 1869

Idag är Nature en av de tvärvetenskapliga tidskrifter som citeras oftast med en Impact Factor34.480 år 2009. Fortfarande en av naturvetenskapernas viktigaste tidskrift med ett syfte som påminner om det ursprunliga:

”First, to serve scientists through prompt publication of significant advances in any branch of science, and to provide a forum for the reporting and discussion of news and issues concerning science. Second, to ensure that the results of science are rapidly disseminated to the public throughout the world, in a fashion that conveys their significance for knowledge, culture and daily life.” – Nature’s mission statement

Genom åren har man i Nature kunnat läsa om flera stora genombrott och upptäckter, här ett axplock:

Som student och forskare vid Chalmers tekniska högskola har du nu möjlighet att söka, bläddra och läsa i Nature från 1869 till idag! Men glöm inte att Nature idag är mer än en tidskrift. De ger även ut podcasts, video och tipsar om lediga anställningar.

/Daniel

Proxy bookmarklet

Ladda om via proxy

Sitter du utanför Chalmers nätverk och har hittat en licensierad resurs? Ingen åtkomst? Prova att ladda om sidan via bibliotekets proxyserver med vår nya bookmarklet – Proxy reload.

Om du sitter utanför Chalmers nätverk och letar efter information via t ex Google Scholar är det ganska troligt att du kommer få problem att komma åt artiklar och databaser i fulltext. Genom att ladda om webbsidan via vår proxy-server kan vi få det att se ut som att du surfar inifrån Chalmers nätverk. Det krävs att du har ett CID för att kunna identifiera dig som betrodd Chalmers-användare.

Enklaste sättet att ladda om en sida genom proxy-servern är via vår nya bookmarklet. Ett ”smart” bokmärke som laddar om sidan åt dig.

Högerklicka på denna länk – Proxy reload – och spara som bokmärke. Lägg gärna till den i din verktygsrad för bokmärken i webbläsaren.

Om du hellre vill lägga till bokmärket manuellt skall du skriva in följande adress:

javascript:window.location=location.protocol+’//’+location.hostname+

‘.proxy.lib.chalmers.se’+location.pathname+location.search+location.hash;

När du gjort det kan du enkelt ladda om en sida genom vår proxy-server genom att klicka på bokmärket då du befinner dig på en sida där du vill se om Chalmers har tillgång till en tjänst eller ett dokument i fulltext.

Högerklicka och spara bokmärke

Lägg till bokmärket i verktygsraden för bokmärken

Om det finns andra bibliotek som är intresserade av att skapa en egen bookmarklet för sin proxy-server så är det enkelt att klippa och klistra från javascriptet ovan. Chalmers bibliotek använder EZproxy.

/Daniel

Microsoft Research – workshop på Sparc Digital Repositories Meeting

”Tools for repositories: Microsoft Research and the Scholarly Information Ecosystem” var titeln på en workshop på SPARC Digital Repository Meeting som äger rum i Baltimore 7-9 november. Det var ett 4-timmarspass vilket gav bra möjlighet både för Microsoft att rätt så utförligt presentera sina satsningar på området och för deltagarna att bidra med frågor och diskussion. Det blev också en tydlig illustration av att Microsofts tjänster återfinns i alla faserna av den vetenskapliga kommunikationen: från datainsamling, analys och skrivande till publiceringstjänster. Och – som det skulle visa sig – nu också med en söktjänst som är under uppbyggnad och som inriktas på forskningspublikationer.

Den avdelning som arbetar med tjänsterna för vetenskaplig kommunikation på Microsoft ligger under deras forskningsavdelning och de utgör ett 50-tal personer av de totalt ca 1000 som är anställda inom Microsoft Research. Utgångspunkten för deras arbete är att utveckla stöd för hur Microsofts produkter kan användas inom forskningen.

Ett av dessa initiativ är att utveckla en egen plattform för repositorier, Zentity. Den har under hösten lanserats i version 2.0. Inte otippat bygger den på Microsoft-komponenter som SQL Server. Nytt i version 2 är att man integrerat några spännande sätt att visualisera och interagera med data: PivotViewer som använder Silverlight-teknik. Detta gav onekligen imponerande möjligheter att grafiskt sortera och analysera sökresultat. Någon upptagning har det dock inte varit bland användarna. Såvitt jag kan förstå är det inte någon organisation som idag använder Zentity som plattform för sin e-publiceringstjänst.

Större intresse finns det då för sådana verktyg som är anpassade för forsknings- och publiceringsprocessen och som används i anslutning till sådan programvara från Microsoft som redan finns hos användarna. Detta gäller till exempel tilläggsprogram till Word eller Excel, men också lösningar som inriktas på mer komplexa arbetsflöden där SharePoint ofta är en viktig komponent.

Ett exempel är en add-in till Word som gör att man i anslutning till att man skriver en text kan välja en Creative Commons-licens. Tilläggsprogrammet gör detta genom att utnyttja web services, och licensen sparas sedan som en del i docx-formatet. Vill man titta närmare på hur Ms Office kan använda web services tyckte de att detta är ett bra exempel att studera.
Information och nedladdningslänk finns på Codeplex (vilket är Microsofts motsvarighet till Sourceforge):
http://ccaddin2007.codeplex.com/

Fler intressanta exempel med tilläggsprogram till Office visades också, bland annat för att hantera kemiska formler och för att skapa standardiserad metadata för artiklar. Open Access-förlaget BioMedCentral påpekade att de skulle kunna sänka sina avgifter för författare som levererar välformaterade manus, eftersom detta besparar förlaget arbete.
Sist men inte minst fick vi se den nya söktjänsten som är specialiserad på forskningspublikationer. Innehållet är till en början främst hämtat från olika datavetenskapliga källor, men man planerar att snart införliva CrossRef-databasen och då kommer innehållet att öka. Det är ett intressant gränssnitt som är väl värt att testa:
http://academic.research.microsoft.com/

I söktjänsten integrerar man också bibliometriska indikatorer och det är första gången jag ser att man beräknar h-index (http://en.wikipedia.org/wiki/H-index) på institutionell nivå. Computer science på Chalmers beräknas här få ett h-index på 86: http://academic.research.microsoft.com/Organization/6059.aspx

/Jonas

Yammer som intern mikroblogg

Vi testar mikrobloggtjänsten Yammer på Chalmers bibliotek sedan några veckor tillbaka. Bibliotekets intranät ska göras om och byggas i Sharepoint 2010, och vi vill se vilket behov och intresse personalen har av att kunna samarbeta och kommunicera på intranätet. Än så länge har Yammer använts för framför allt lunchplanering, rapportering från resor och konferenser, snabba frågor och information av det mer informella slaget som inte behöver dokumenteras. Vi har redan börjat diskutera huruvida det är bra eller dåligt att smågrupper skapas. Ska man begränsa spridningen av viss info till en mindre grupp intresserade med tanke på informationsstress eller skapar det bara uteslutning? Vilken nytta och vinster kan man få med Yammer? Jag ser att vi i Yammer kommunicerar med varandra på ett ledigare sätt än vad vi gör i den vanliga mailen, något som säkert kan vara positivt för det sociala klimatet på arbetsplatsen.

Yammer är gratis men det finns pro-version som bl a tillåter integration med SharePoint (dyrt). Det är enkelt att använda och innehåller flera funktioner, som direktmeddelanden och möjlighet att lägga in och följa RSS-flöden från valfri källa (kan fungera som delad omvärldsbevakning).

/Linnéa

Skärmavbild-2010-11-01-kl.-17.02.05

Inga fler inlägg.